按照国家“核高基”重大专项的规定，政府在下拨课题支持资金时，企业和地方政府也需要配套相应的资金。

　　当初申请时，中科红旗并没有能力自己出钱配套相应的资金，但软件所作为大股东作出过相应的承诺，承诺当中科红旗自筹资金不能到位时，软件所将以足额补齐，上限4000万元。不过，这笔资金一直没有到位。

　　员工们认为，正是因为中科院软件所未能履行承诺，才导致中科红旗走向关门。

　　大股东回应

　　中科院软件所显然不愿意承担这个“责任”。在中科红旗员工到工信部门前维权之后，中科院软件所在1月6号发布了《关于中科红旗情况的声明》。在这份声明中，中科院软件所作出了详细的回应。

　　中科院软件所在声明中说：1、配套资金未能到位的原因是中科红旗单方面退出；2、中科红旗遭遇困境主要是因为管理团队经营不善，与“核高基”配套资金并没有关系。

　　中科院软件所说，2009年软件所曾联合中科红旗、中科方德，成立了“核高基”项目总体部，旨在统一调配人员资源，统筹解决配套资金等。但是中科红旗2010年退出总体部。软件所认为，为中科红旗配套资金的前提条件不复存在，因此也没有必要为其配套资金。

　　中科院软件所还说，中科红旗一直经营困难，每年的市场收入不超过1000万元，2010年和2011年的收入主要来自“核高基”项目，在2012年下半年，由于“核高基”项目资金基本用尽，才曝出了资金链断裂问题。

　　换言之，中科院软件所的意思是，中科红旗是因为自身问题才导致关门的。

　　对于这一点，一些中科红旗员工则表达了不同的看法。他们认为，中科红旗在过去10多年的经营中客户规模在不断扩大，一直处于盈利状态，并不存在经营困难的问题。中科红旗的倒闭，软件所的折腾”功不可没”。

　　提起中科院软件所，中科红旗的员工们似乎有着很多的不满。他们指责中科院软件所设立新的中科方德公司与中科红旗展开竞争，同时通过派驻的管理层，要求中科红旗的员工为中科方德做项目。

　　员工们说，中科红旗的很多员工都曾被调往中科方德，有一段时间，中科院软件所还要求这些员工与中科方德签订工作合同。他们认为，中科院软件所频频抽调员工，严重影响了中科红旗的正常运行，中科方德却始终获益。