中科红旗员工们尝试让高管和员工代表与公司董事会展开对话，协商解决拖欠员工工资问题，但无果而终。

　　最终，员工们选择付诸法律，向海淀法院申请劳动仲裁。虽然最终法院在今年年初作出了有利于员工们的仲裁，但员工们至今也没有拿到总额达到上千万元的工资。

　　维权无果让中科红旗的员工们心力交瘁，但他们自始至终也不明白一家正常运营的公司为什么会突然陷入亏损，出现资金链断裂问题。多位在中科红旗供职多年的员工告诉新浪科技：“自2004年起，中科红旗实际上一直处于盈利状态。”

　　据员工们表述，中科红旗近几年发展一直比较稳健，客户规模也在不断扩大，即使公司过去几个月处于混乱之中，仍然有稳定的销售回款，并且有客户要求提供更多产品和服务。

　　至今，在中科红旗官方网站上，有关公司大事记的记录中仍然有公司在2004年、2005年实现盈利的字样。

　　对于公司突然陷入亏损，员工们说，他们自己也觉得莫名其妙。

　　员工矛头指向大股东

　　谁该对中科红旗的现状负责呢？员工们把矛头指向了中科红旗的大股东——中科院软件所。

　　中科红旗成立于2000年6月，是中科院软件所全资企业北京科软创新软件技术有限公司(简称“科软创新”)与北京赛迪时代信息产业股份有限公司等8家股东联合设立的中外合资公司，注册资金96.2万美元，其中科软创新出资39万美元，占股40.5%，为第一大股东。

　　2013年12月30日，部分中科红旗员工曾在工信部大院门前拉起了维权横幅，公开指责中科院软件所无视员工死活，要求中科院软件所“归还”中科红旗 “核高基”专项资金。

2013年12月30日上午，中科红旗员工在工信部门前拉横幅，矛头直指中科院软件所。
　　2013年12月30日上午，中科红旗员工在工信部门前拉横幅，矛头直指中科院软件所。

　　中科红旗员工在一份流传于网络的请愿书中表示：“自 2013 年 4 月 1 日开始，由于中科院软件所未兑现承诺支付我公司承担的核高基专项配套资金，致使公司资金链中断，从而停发全员工资至今。”

　　“核高基”是国家科技重大专项“核心电子器件、高端通用芯片及基础软件产品”的简称，主要目标是在芯片、软件、电子器件领域，攻克一批关键技术、研发一批战略核心产品。

　　在2010年的“核高基”重大专项竞标中，中科红旗曾牵头承担了“通用桌面操作系统研发及产业化”主要课题，并与中科院软件所及旗下另一家子公司中科方德，联合承担了其他4个子课题。